按疾病累及的系统区分：
结缔组织疾病：如：系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎、多发性肌炎/皮肌炎、硬皮病、干燥综合征等。
消化系统疾病：如：AIH（自身免疫性慢性活动性肝炎）、 PBC（原发性胆汁性肝硬化），肝功能如有异常，应鉴别是何种性质（自身免疫肝病？）。
生殖系统疾病：如：习惯性流产、子宫内膜异位症等。
神经肌肉疾病：如：全植物神经功能不全、重症肌无力等、肌酶异常、PM/DM（多发性肌炎/皮肌炎）、系统性硬化症（面容呆板，也可影响内脏，出现心、肺和消化道功能紊乱）等。
泌尿系统疾病：如：肾小球基底膜肾炎、原发性IgG肾病等、免疫肾病（SLE？血管炎？）等。
内分泌系统疾病：如：1型糖尿病、桥本氏甲状腺炎等。
血液系统疾病：如：自身免疫性溶血性贫血、原发性血小板减少性紫癜等。
心血管系统疾病：如：风湿热、病毒性心肌炎与心肌病等。
呼吸系统疾病：如：特发性肺间质纤维化，一部分病人常伴随着自身抗体Jo-1一起出现；
五官科相关疾病：如：交感性眼炎、晶体过敏性葡萄膜炎、欲哭无泪、眼干涩（干燥综合征？）等。
口腔科相关疾病：如：口干（干燥综合征？）、猖獗性龋齿（约50％的病人出现多个难以控制发展的龋齿，表现为牙齿逐渐变黑，继而小片脱落，最终只留残根，是本病的特征之一）等。
皮肤组织疾病：如：寻常天疱疮、类天疱疮等。
出现以上临床症状，均需要提高警惕，筛查自身抗体，避免诊断治疗的延误。
2015年我院购买了德国徕卡荧光显微镜DM4000，应用间接免疫荧光法检测人体自生抗体，提高了阳性检出率，准确性高，特异性强，近两年来已筛查出多例自身免疫病患者，特别是处于早期的患者，早发现早治疗，为患者提供了可靠的辅助诊断。
